Menorcas historia går tillbaka tusenals år, vilket märks på en hel del antika sevärdheter. Ön har förstås haft ett viktigt strategiskt läge i medelhavet i alla tider.
De allra tidigaste spåren är från 2000-talet före kristus. 
På 100-talet efter kristus erövrade romarna Menorca och kristnade ön. Det var också då ön ska ha fått sitt nuvarande namn: romarna kallade menorca för ”Minor” island (Minor som i ”den mindre”) medan stora Mallorca var ön ”Major” (den stora) och att det var det som gav upphov till namnet Menorca, eller Minorca som den heter på engelska. Under romarnas styre ökade handeln mellan Spanien och Italien, vilket gav stort uppsving för pirater som använde både Mallorca och Menorca som hemmahamn och bas för sina plundrings-resor. 
Genom århundradena har ögruppen tagits av allehanda olika folkslag och länder, och skiftat mellan att vara kristet och islamiskt.
På 1200-talet härskade araber över ön som utropats till en självständig arabisk stat. Men den 17 januari 1287 anfölls ön på nytt, nu av Alfonso III, och denna dag firas än i dag som Menorcas nationaldag. De flesta muslimer som då levde på ön såldes som slavar på Ibiza eller på fastlandet i samband med detta övertagande.
Under 1300-talen var Menorca under mallorcanskt och därmed spanskt styre. 
På 1500-talet attackerade turkarna ön och förstörde delar av städerna Ciutadella och Maó.
På 1700-talen blev Menorca en brittisk koloni, och det engelska arvet känns fortfarande högst påtagligt, i synnerhet som britterna är den största turistgruppen på ön. Det finns också en del arkitektur på ön som bär spår av denna tid av brittiska herravälde. I synnerhet är detta tydligt i staden Maó (eller Mahón på spanska) som britterna upphöjde till ny huvudstad i stället för Ciutadella. Under 1700-talet gjorde både fransmännen och spanjorerna framstötar för att återta Menorca, men ön hölls i huvudsak av England. 
1802 kom Menorca till slut under spanskt styre.  

Menorca är rikt på historiska lämningar som finns att beskåda på många platser på ön.